Näin siksi, että meri on yhteydessä Pohjanmereen vain kapeiden Tanskan salmien kautta. Vesi vaihtuu salmissa hitaasti, koska ne ovat sekä kapeita että myös matalia. Itämeren veden vaihtumiseen kuluukin kymmeniä vuosia.

Itämeren keskisyvyys on vain 54 metriä, kun esimerkiksi Välimeren keskisyvyys on 1 500 metriä ja valtamerten keskisyvyys jopa 4 000 metriä.

Itämeren pääaltaaksi nimitetään itäisen ja pohjoisen Gotlannin altaan kattamaa aluetta, jossa meri on yli sata metriä syvä. Itämeren syvin kohta on 459-metrinen Landsortin syvänne Ruotsin rannikolla.

Suomea lähellä olevien merialueiden suurimmat syvyydet ovat huomattavasti matalampia kuin pääaltaassa. Perämeren syvin kohta on 146 metriä ja Selkämeren 293 metriä. Ahvenanmaan ja Ruotsin välisessä salmessa Märketin majakan läheisyydessä syvin kohta on 301 metriä. Läntisen Suomenlahden syvin kohta on 123 metriä.

Valuma-alueella asuu 85 miljoonaa ihmistä

Itämeren valuma-alue on nelinkertainen itse meren kokoon nähden ja joet tuovat itämereen vuosittain noin kaksi prosenttia sen vesimassasta.

Jokivesi tuo mukanaan ravinteita ja vaikuttaa myös meren suolaisuuteen ja meriveden kerrostuneisuuteen. Sateilla on vain suora vähäinen vaikutus Itämeren vesitasapainoon, mutta ne tuovat suurimman osan pintaveden typpilaskeumasta.

Itämeren valuma-alueella asuu noin 85 miljoonaa ihmistä, ja heistä 15 miljoonaa kymmenen kilometrin säteellä rannikosta.

Saksassa, Tanskassa ja Puolassa valuma-alueesta jopa kaksi kolmasosaa on viljelymaata. Suomessa, Ruotsissa, Venäjällä ja Virossa valuma-alueesta 65 - 90 prosenttia on metsiä, kosteikkoja tai järviä.

Kerrostunutta murtovettä

Itämeren vesi on murtovettä, meriveden sekä sateista ja joista valuvan makean veden yhdistelmää. Pintaveden suolapitoisuus vaihtelee Kattegatin parista prosentista pohjoisimman Pohjanlahden ja itäisimmän Suomenlahden 1 - 2 promilleen. Suolaisimmillaankin Itämeren suolapitoisuus on vain runsaat puolet valtamerien keskimääräisestä suolapitoisuudesta.

Itämerelle erityistä on, että merivesi kerrostuu sekä suolaisuuden että kesäisin myös lämpötilan suhteen. Suolaisin vesi painuu raskaampana lähelle pohjaa. Kerroksisuus estää veden sekoittumista, ja pohja-alueiden happipitoisuus voi vähetä.

Kesäisin kerrostumista tapahtuu myös lämpötilan suhteen. Lämpimin vesi on ylhäällä. Kun pintavesi alkaa syksyllä jäähtyä, siitä tulee pohjavettä raskaampaa, mikä edistää veden sekoittumista. Entisestään sekoittumista vauhdittavat syysmyrskyt.

Itämeressä elää sekä suolaisen että makean veden lajeja. Meri on kuitenkin melko vähälajinen, sillä vähäisen suolapitoisuuden ja matalien lämpötilojen yhdistelmä on monille eliöryhmille vaativa.