Tiedot Allenden kuolemasta ovat olleet ristiriitaisia, koska Chilessä syksyllä 1973 vallan kaapanneen kenraali Augusto Pinochetin hallinto ei näyttänyt Allenden ruumista hänen omaisilleen eikä kuolinsyytä tutkittu.
Pinochetin hallinnon ja useiden Allenden tukijoiden mukaan Allende teki itsemurhan presidentinpalatsin valtauksen yhteydessä. Toisen version mukaan presidentin palatsiin hyökänneet Pinochetin joukot murhasivat Allenden.
Tutkinta Allenden todellisesta kuolinsyystä aloitettiin tammikuussa osana tutkimuksia, joissa selvitetään 725:tä syytöstä Pinochetin sotilasdiktatuurin aikaisista ihmisoikeusrikkomuksista.
Allenden tytär, senaattori Isabel Allende sanoo Allenden perheen olevan helpottunut, koska ruumiinavauksen tulos osoitti todeksi sen, mitä omaiset uskoivat tapahtuneen.
- Nöyryytetyksi tulemisen sijasta hän päätti riistää itse henkensä, sanoo Isabel Allende.
Salvador Allende valittiin vaaleilla Chilen ensimmäiseksi vasemmistolaiseksi presidentiksi vuonna 1970. Kuollessaan hän oli 65-vuotias.