Klo 7.30 keskellä pahinta aamuruuhkaa räjähti pommi, sitten toinen ja kolmas. Aamujunissa ja kolmella madridilaisella juna-asemalla räjähti kaikkiaan yhdeksän pommia, ja lisäksi junista löydettiin kolme räjähtämätöntä pommia. Tuho oli hirvittävä.
Iskuissa kuoli 200 ihmistä, loukkaantuneita oli yli 1 400. Kuolonuhrit olivat 11 maasta. Espanjan hallitus syytti heti iskun jälkeen teosta baskien separatistijärjestöä Etaa, joka on itsenäisyyskamppailunsa aikana surmannut satoja ihmisiä. Esimerkiksi Espanjan sisäministeri Angel Acebes sanoi olevansa aivan varma Etan syyllisyydestä. Eta kuitenkin kiisti tehneensä iskun, ja asiantuntijoidenkin mukaan tekotapa poikkesi niin paljon Etan pommi-iskuista - kukaan ei esimerkiksi soittanut etukäteen ja varoittanut uhkaavasta iskusta, kuten Etalla on ollut tapana -, että baskijärjestön syyllisyys oli hyvin kyseenalainen. Pommi-iskuja tutkinut poliisikaan ei missään vaiheessa sanonut uskovansa, että kyseessä olisi Etan isku. Tutkimukset etenivät ripeästi Tutkimukset iskun selvittämiseksi alkoivat heti, ja niiden edetessä alkoi olla yhä selvempää, että tuhoisat pommi-iskut olivatkin terroristiverkosto al-Qaidan tekemiä. Tutkijat muun muassa löysivät pian iskujen jälkeen pakettiauton, jossa oli arabiankielinen koraaninsäkeitä sisältänyt kasetti sekä pommin sytyttimiä. Lisäksi eräs arabisanomalehti kertoi saaneensa kirjeen, jossa al-Qaida ilmoitti olevansa iskun takana. Lopulta iskujen tekijäksi paljastui aiemmin tuntematon ryhmä Abu Hafs a-masrin prikaatit -niminen järjestö, joka lienee sidoksissa al-Qaidaan.
Espanja oli sikäli looginen kohde ääri-islamilaiselle terrorismille, että maa tuki vahvasti Yhdysvaltain ja Britannian hyökkäystä Irakiin ja oli siksi al-Qaidan mustalla listalla.
Espanjalaiset järkyttyivät iskuista syvästi. Iskujen jälkeisenä perjantaina Espanjan kaupungeissa järjestettiin suurmielenosoituksia väkivaltaa ja terrorismia vastaan. Marsseihin osallistui miljoonia ihmisiä. Iskujen jälkeen myös vaatimukset Espanjan joukkojen vetämisestä Irakista alkoivat koventua - kansa kun ei koskaan ollut kovin innokkaasti ollutkaan Irakin sodan takana.
Pääministeriksi noussut José Luis Rodriguez Zapatero lupasi ensi töikseen vetää espanjalaisjoukot Irakista, ellei operaatiolle saataisi YK:n siunausta, minkä jälkeen al-Qaida ilmoitti pidättäytyvänsä iskuista Espanjan maaperällä. Vetäytymispäätöksestä huolimatta Zapatero vakuutti, että terrorismin vastaisesta sodasta Espanja ei lipeä.
Espanjan poliisi puolestaan oli aloittanut kiivaan terroristijahdin, ja ensimmäiset pidätykset tehtiinkin vain pari päivää iskujen jälkeen. Poliisi muun muassa piiritti madridilaisen kerrostaloasunnon, jossa epäili iskujen pääsyyllisen majailevan. Piiritys päättyi kuitenkin traagisesti, kun epäillyt räjäyttivät piilopaikkansa ja samalla itsensä. Pääsyylliseksi epäiltyä Sarhane ben Abdelmajid Fakhetia ja hänen kuutta syyllisiksi epäiltyä kumppaniaan ei siis koskaan saatu oikeuden eteen.
Takaiskusta huolimatta ensimmäiset syytteet luettiin vain viikko iskujen jälkeen. Syyllisiksi epäillyt ovat marokkolaissyntyisiä, ja heillä uskottiin olevan yhteyksiä myös Marokossa vuonna 2003 tehtyyn tuhoisaan pommi-iskuun.
Myöhemmin tutkimukset laajenivat Espanjan rajojen ulkopuolelle, kun pidätyksiä tehtiin niin Ranskassa kuin Italiassakin. Vuoden viimeiset Madridin pommi-iskuihin liittyvät pidätykset tehtiin joulukuun alussa, kun Espanjan poliisi otti kiinni kaksi miestä maan pohjoisosan baskialueella.
Espanjan sosialistihallitus veti lupauksensa mukaisesti maan sotilaat Irakista huhtikuun loppuun mennessä. Heinäkuussa parlamentaarinen komitea alkoi selvittää, valehteliko vanha hallitus sanoessaan olevansa varma siitä, että pommi-iskut olivat Etan tekemiä. Hallituksen on arveltu yrittäneen peitellä al-Qaidan syyllisyyttä, jotta kansa ei olisi kääntynyt sitä vastaan vaaleissa.
Näyttöä tietoisesta valehtelusta ei ole saatu, mutta joulukuussa komitealle oman näkemyksensä esittänyt pääministeri Zapatero väitti, että maan edellinen hallitus muun muassa tuhosi tietokoneilla olleita todisteita maaliskuun 11. päivän iskujen ja saman kuun 14. päivän vaalien väliseltä ajalta.
Edellinen pääministeri Jose Maria Aznar on kiistänyt kaikki väitteet kansan pettämisestä vakuuttaen, että hallitus uskoi vilpittömästi Etan syyllisyyteen. Vuoden päättyessä komitean tutkimukset jatkuivat edelleen.
Mia Gertsch, YLE24
Iskuilla myös poliittisia seurauksia Vaatimukset todentuivat kouriintuntuvasti iskuja seuranneen viikonlopun parlamenttivaaleissa: vielä ennen pommi-iskuja oikeistolaishallituksen uskottiin jatkavan vallassa, mutta äänestyksen jälkeen sosialistit olivat ottaneet yllätysvoiton.