Elokuun 13:ntena 1961 DDR sulki Berliinin itävyöhykkeen piikkilankaesteillä. Muutaman päivän kuluttua rajalle alkoi kohota betoninen muuri, joka jakoi kaupungin 28 vuoden ajan.
Kesäkuussa 1960 neuvostojohtaja Nikita Hruštšov vaati, että Saksan kysymys – ts. Saksan rauhansopimus ja Berliinin asema – ratkaistaisiin kuluvan vuoden aikana. Muussa tapauksessa Neuvostoliitto allekirjoittaisi erillisrauhan DDR:n kanssa ja antaisi tälle oikeuden valvoa liikennettä Berliiniin.
USA:n presidentti Kennedy vakuutti lännen puolustavan päättäväisesti Berliinin nykyistä asemaa. Sodan mahdollisuutta väläyteltiin puolin ja toisin, ja kesän aikana molemmat suurvallat kasvattivat puolustusvalmiuttaan.
Elokuun alussa voimansa tunnossa oleva Neuvostoliitto suomi Länsi-Saksan hallitusta, joka kieltäytyi neuvottelemasta DDR:n kanssa Saksojen yhdistämisestä. Hruštšov syytti myös länttä Saksan liittotasavallan varustamisesta. "Länsi-Saksaan on kertynyt niin paljon tulenarkaa ainetta, ettei sellaista ole missään", pääsihteeri laukoi.
Kriisi huipentui Itä-Berliinin eristämiseen sunnuntaiyönä 13.8. Itä-Saksan hallitus, jolle vauras Länsi-Berliini oli erityinen silmätikku, oli suunnitellut toimenpidettä jo jonkin aikaa estääkseen etenkin parhaassa työiässä olevaa koulutettua väestöään siirtymästä länteen.
Muuri vakiinnutti tilanteen vuosikymmeniksi
Kysymys Neuvostoliiton miehitysvyöhykkeen sisään jääneestä Berliinistä oli hiertänyt liittoutuneiden suhteita alusta asti. Ensimmäinen Berliinin kriisi oli koettu jo vuonna 1948.
Moskovan pyrkimyksenä oli vakiinnuttaa sosialistisen Itä-Saksan asema. Vuonna 1958 Neuvostoliitto esitti uhkavaatimuksen, jonka mukaan kaikkien miehitysvaltojen tulisi vetäytyä Berliinistä. Kaupungista tehtäisiin delimilitarisoitu vyöhyke. Lännen näkökulmasta se olisi merkinnyt kaupungin jäämistä keskelle sosialistista DDR:ää. Jo tuolloin Neuvostoliitto vahvisti puheitaan kalistelemalla ydinaseita.
Muurin rakentaminen elokuussa 1961 nostatti Berliinissä mielenilmauksia ja herätti maailmalla kriisitunnelmia. Jaetussa kaupungissa elettiin syksyn mittaan jännitystilassa. Lokakuussa amerikkalaiset ja neuvostopanssarit seisoivat tykit vastakkain rajavälikohtauksen takia. USA:ssa pohdittiin jo mahdollisen ydinsodan skenaarioita.
Muuri sai kuitenkin jäädä paikalleen. Amerikkalaiset pitivät muuria parempana vaihtoehtona kuin sotaa. Käytännössä muuri vakiinnutti Saksan sodanjälkeisen status quon vuosikymmeniksi eteenpäin.