Ninni ja Nestori kertoo pienen hiiren ja suuren karhun syvästä ystävyydestä. Karhun ja hiiren lämmintä suhdetta eivät kaikki ymmärrä, mutta näitä kaveruksia se ei haittaa. Orpo Ninni muutti Nestorin luo asumaan.
Yrmeä Nestori soittaa haitaria ja elättää itsensä katusoittajana. Nestori on rohkea ja päättäväinen, mutta myös taikauskoinen.
Kun utelias Ninni päättää jotain, ei mikään tule hänen tiellensä. Ei edes yrmy karhu. Pienestä koosta huolimatta mikään ei pelota Ninniä. Ninni on myös taitava piirtäjä ja kirjoittaja. Hiiri-neiti tallentaa ystävysten seikkailut pieniin kirjoihin.
Yhdessä ystävykset marjastavat, musisoivat, herkuttelevat ja taiteilevat, ja ovat toisilleen tärkeimpiä maailmassa.
Tarinoissa tavataan myös Ninnin ystävät Meeri, Malla ja Maisa, sekä Nestorin ystävä Pontus. Naapurin rouva Kukkanen saa joskus osansa ystävysten metkuista.
Ninni ja Nestori (Ernest & Celestine) perustuu belgialaisen Gabrielle Vincentin suosittuihin lastenkirjoihin. Sarjassa on 26 jaksoa ja sen alkuperäiskieli on ranska.
Ohjelma on katsottavissa Lasten Areenassa.