1. yle.fi
  2. Uutiset

Tamperelainen väitöstutkimus löysi uusia syöpägeenejä

Tommi Rantapero kokosi ja sovelsi väitöskirjassaan uusia bioinformatiikan menetelmiä ja tutki lisäksi geenin sääntelyä.

syövät
Tampereen yliopiston kyltti
Matias Väänänen / Yle

Tampereen yliopiston väitöstutkimuksessa on löytynyt uusia syöpäalttiuteen liittyviä geenejä. Filosofian maisteri Tommi Rantapero kokosi ja sovelsi väitöskirjassaan uusia bioinformatiikan menetelmiä ja tutki lisäksi geenin sääntelyä.

Eturauhas- ja rintasyöpä kuuluvat yleisimpien syöpätautien joukkoon ja on jo pitkään tiedetty, että perinnölliset tekijät voivat lisätä alttiutta sairastua. Vasta tehdyissä tutkimuksissa perinnöllisten tekijöiden on myös havaittu liittyvän kehittyvän syövän aggressiivisuuteen.

Uuden sukupolven niin sanotuilla sekvensointimenetelmillä on mahdollista määrittää yksilön koko perimä. Väitöstutkijan mukaan haasteena on löytää valtavasta määrästä informaatiota juuri syöpään liittyvät tekijät.

– Tutkimukseni ensimmäisenä tavoitteena oli koota ja soveltaa tunnettuja bioinformatiikan menetelmiä sekvensointidatan analyysiä varten pyrkimyksenä löytää uusia syöpäalttiuteen sekä syövän aggressiiviseen muotoon liittyviä geenejä suomalaisessa ja ruotsalaisessa potilasaineistossa, Rantapero kertoo tutkimustiedotteessa.

Tutkimuksena tuloksena löydettiin uusia syöpäalttiuteen liittyviä geenejä kuten ZNF652 ja HDAC4 sekä vahvistettiin ATM- ja CHEK2 -geenien rooli aggressiivisten syöpien kehityksessä suomalaisessa ja ruotsalaisissa potilasaineistosta.

Tutkimuksen toisena kohteena oli geenin säätely. Syövässä geenien aktiivisuuden eli ilmentymisen säätely on usein muuttunut. Laajoissa syöpätutkimuksissa on havaittu, että syöpätyypit voidaan luokitella alatyyppeihin eri geenien erilaisen ilmentymisen mukaan.

Tutkimus sai esimerkiksi uutta tietoa BMP4-proteiinin roolista geenin säätelyssä eri rintasyövän solumalleilla.

– Tämä löydös voi omalta osalta selittää, kuinka syövän eri alatyypit kehittyvät, Rantapero sanoo.

Rantaperon bioinformatiikan alaan kuuluva väitöskirja Developing a Framework for Analysis of Next-Generation Sequencing Data in Cancer Genetics and Epigenetics (siirryt toiseen palveluun)tarkastetaan julkisesti Tampereen yliopiston lääketieteen ja terveysteknologian tiedekunnassa perjantaina 16.10.2020.

Lue seuraavaksi