1. yle.fi
  2. Uutiset

Yhä useampi positiivinen koronanäyte tutkitaan muunnosten löytämiseksi – virusten analysointi tuplaantuu Suomessa lähiviikkoina

Suomesta on löytynyt THL:n mukaan jo 59 ärhäkkäästi tarttuvaa brittivarianttia.

koronavirus
Koronavirusnäyte otetaan nenän kautta.
Koronavirusnäyte otetaan nenän kautta. Kuvituskuva. Raimo Torikka / Yle

Virusmuunnokset pyritään löytämään aiempaa tehokkaammin kaksinkertaistamalla positiivisten näytteiden perimän tutkiminen eli sekvensointi tammikuun aikana, kertoo THL:n johtava asiantuntija Carita Savolainen-Kopra.

– Kapasiteettia nostetaan, että saataisiin ajantasaista tietoa siitä, miten variantit ovat levinneet, Savolainen-Kopra sanoo.

Tavoitteena on erityisesti nopeuttaa noin neljä päivää näytettä kohden kestävää analysointiprosessia ja siten auttaa tartuntojen jäljityksissä. Tällä hetkellä sekvensointi tehdään noin 200 näytteelle viikossa. Määrä nousee lähiviikkoina Savolainen-Kopran mukaan noin 400 näytteeseen.

– Muunnokset seulotaan kaikkien matkailijoiden sekä heidän kontaktiensa antamista positiivisista näytteistä. Lisäksi laboratorioille on annettu ohjeistus toimittaa Helsingissä tehtävään analysointiin viisi positiivista näytettävä viikossa, sanoo Savolainen-Kopra.

Viruksen perimän analysointikapasiteetti voitaisiin tarvittaessa nostaa jopa yli tuhanteen näytteeseen viikossa, mutta toistaiseksi THL:ssä pidetään riittävänä kapasiteetin tuplaamista. Positiivisista koronanäytteistä sekvensoidaan Suomessa noin neljä prosenttia.

– Kasvatamme kapasiteettia sitä mukaa, kun tarvetta näyttää olevan. Tällä hetkellä sekvensoinnin lisääminen perustuu siihen, että pyrimme ottamaan kiinni matkailun kautta tulevia tapauksia ja katsomaan myös epidemiologista taustaa koko maan osalta, Savolainen-Kopra kertoo.

Suomesta on löytynyt tähän mennessä 59 entistä helpommin tarttuvaa brittivarianttia ja kaksi etelä-afrikkalaista. Savolainen-Kopra muistuttaa, että myös kotoperäisten virustartuntojen analysointi on aiheellista.

– On tarpeen sekvensoida myös kotimaassa kiertäviä viruskantoja, koska ei ole varmaa, että virusmutaatiot syntyvät vain ulkomailta tuleviin viruksiin, sanoo Savolainen-Kopra.

Perimän selvittäminen edellytys myös rokotusten onnistumiselle

Viruksen perimän seuranta on oleellista myös rokotusten onnistumisen kannalta. Sekvensoinneissa tarkastellaan erityisesti mahdollisia mutaatioita s-geenissä. Ne saattaisivat vaikuttaa kantojen neutraloituvuuteen ja sillä voisi olla pidemmällä aikavälillä vaikutusta rokotteen tehoon, sanoo Savolainen-Kopra.

– Tautien geneettisen variaation seuranta on tärkeää, jotta pystymme varmistamaan, ettei lähde nousemaan viruskantoja, jotka olisivat rokotteelle vastustuskykyisiä, toteaa Savolainen-Kopra.

Jos sekvensoinnissa havaitaan laajasti uusia viruskantoja, rokotteita on mahdollista muokata tehoamaan myös niihin.

– Tämä on hyvin samanlaista toimintaa kuin influenssarokotteen kanssa. Influessakantoja sekvensoidaan normaalivuosina ihan joka päivä ja lähetetään kooste WHO:n arviointikokoukseen, jossa päätetään, mihin suuntaan rokotetta lähdetään muokkaamaan, kertoo Savolainen-Kopra.

Uusi PCR-testi osoittaa, kannattaako näytteestä etsiä muunnoksia

Suomessa otetaan entistä laajempaan käyttöön myös uusi PCR-testi, joka osoittaa kannattaako varianttia lähteä näytteestä etsimään. Testissä kiinnitetään huomiota muutoksiin s-geenissä. Menetelmä on käytössä muutamissa laboratorioissa Suomessa sekä laajemmin Britanniassa.

– Testi tunnistaa näytteistä tapaukset, jotka todennäköisesti sisältävät variantteja. Näistä kannoista tehdään sekvensointi ja näin voidaan auttaa paremmin tartunnan jäljityksessä.

Näytteiden sekvensointia tekee Helsingissä THL:n lisäksi Hus Lab yhteistyössä Helsingin yliopiston kanssa. Viruksen perimän analysoinnin ovat aloittamassa myös Tyks Kliininen mikrobiologia Turussa ja Fimlab Tampereella.

Suomessa on sekvensoitu vuoden sisällä noin 1500 positiivista koronavirusnäytettä.

Lue lisää:

Onko uusi koronavariantti nuorten virus, miten tutkittavat näytteet valitaan ja tuleeko muunnoksia vielä lisää? Virologian apulaisprofessori vastaa 12 kysymykseen

Lue seuraavaksi