1. yle.fi
  2. Uutiset
  3. koronavirus

Virusmuunnos yllätti Suomen laboratoriot – tuloksia odoteltu jopa viikkoja, vasta hiljalleen tietoja aletaan saada useammasta laboratoriosta

Näytteitä on paljon selvittämättä, ja jonoja on syntynyt, HUSista kerrotaan.

koronavirus
Sinisten suojakäsineiden peittämät kädet pitelevät CDNA-näytteitä lähikuvassa.
Työtä koronakantojen perimän selvittämiseksi ollaan käynnistelemässä myös Turussa ja Tampereella. Kuvituskuva.Petteri Bülow / Yle

Suurin osa Suomen sairaanhoitopiireistä ei pysty itse varmistamaan, onko positiivinen koronavirusnäyte virusmuunnos vai ei. Sen sijaan näytteet lähetetään Terveyden ja hyvinvoinnin laitokselle tutkittavaksi.

Esimerkiksi Kainuussa saatiin odotella lopullisia tuloksia virustyypistä kolmatta viikkoa.

Kainuun sote lähetti Samoojan kuntoutuskodin virustyypin näytteet Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen eli THL:n tutkittavaksi 11. tammikuuta. Korona levisi kuntoutuskodin asukkaissa, työntekijöissä ja asukkaiden omaisissa harvinaisen ärhäkkäästi. Vastaavaa leviämistapaa ei ollut nähty Pohjois-Suomessa aiemmin.

Tulokset tulivat eilen keskiviikkona, ja niiden mukaan kyseessä ei ollut mikään tunnettu virusmuunnos.

Tuloksissa kesti kuitenkin jokseenkin kauan, ja altistuneet oli varalta määrätty tavallista pidempiin karanteeneihin. Kainuun soten pandemiapäällikkö Olli-Pekka Koukkari sanoo Ylelle, että tällaisilla vastausajoilla näytteiden tuloksilla ei ole merkitystä viruksen hallinnassa, vaan ne sopivat paremmin lähihistorian analysointiin.

THL:n ohjeistuksen mukaisesti Huslab huolehtii Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin HUSin näytteistä ja THL itse muun Suomen näytteistä. Esimerkiksi maahantulotestit kulkevat Helsinki-Vantaan lentoasemalta Huslabin analysoitavaksi.

HUSin kliinisen mikrobiologian ylilääkäri Maija Lappalainen kertoo, että koronavirusten jatkotutkimuksena tehty sekvensointi ei sovellu päivystyskäyttöön: testi vie parhaimmillaankin kaikkine vaiheineen useita päiviä.

Lappalaisen mukaan uusien toimintojen käynnistysvaiheessa sujuvuudessa on aina parantamista. Hän sanoo, että tällä hetkellä jonoa on syntynyt, mutta käynnistysvaiheen jälkeen tutkimuksissa päästäneen noin viikkoon.

Lappalainen vertaa tilannetta viime kevääseen. Tuolloin diagnostiikka perustui laboratorioiden itse pystyttämille testeille ja toimintaa saatiin nopeutettua vasta, kun käyttöön saatiin kaupallisia automatisoitavia testejä.

Koronaviruksen varianttien tunnistamiseen on aloitettu myös kaupallisten toimijoiden testejä ja lisää kehitetään.

Terveyden ja hyvinvoinnin laitokselta kerrotaan, että myös Fimlab Tampereella ja TYKS Kliininen mikrobiologia ovat paraikaa pystyttämässä menetelmiä, joilla koronakantojen perimän selvitystä voitaisiin tehdä.

Turussa koronaviruksen virusmuunnoksia päästään tutkimaan mahdollisesti ensi viikolla.

Tampereella valmistelut vielä vaiheessa

Varsinaisen tutkimustyön alkamisen tarkka ajankohta Tampereella on vielä auki. Fimlabin ylilääkäri ja mikrobiologian erikoisalajohtaja Tapio Seiskari kertoo, että tavoitteena on aloittaa helmikuun aikana.

Isoimmat kysymysmerkit tällä hetkellä liittyvät sujuvan menetelmäpolun rakentamiseen.

– Sekvensointi tuottaa hirvittävän määrän dataa. Pitää miettiä kuinka se muotoillaan järkeviksi vastauksiksi.

Fimlabin genetiikan laboratoriossa ja Tampereen yliopistolla on jo osa välineistöstä, jota virusmuunnosten tutkiminen vaatii.

– Aivan kaikkia reagenssejä (lopputuotteen syntymiseen vaadittavan kemiallisen reaktion ainesosa, toim. huom.) meillä ei vielä ole. Myöskään tarvittavaa ohjelmistoa tulosten tulkintaan ei toistaiseksi ole, Seiskari luettelee.

Laitteiden lisäksi avoimia kysymyksiä leijuu työntekijöiden riittävyyden yllä. Lisäkäsiä pyritään Seiskarin mukaan löytämään tutkimustyön toteuttamiseen.

– Tällainen sekvensointi ei ole tavallista mikrobiologian laboratoriotyötä. Yksi vaihtoehto on vapauttaa asiantuntijoitamme sekvensointityöhön ja käyttää enemmän keikkatyöntekijöitämme muissa tehtävissä, kuten näytteiden käsittelyssä.

Sekvensointi tarkoittaa menetelmää, jolla selvitetään viruksen geeniperimän nukleotidien järjestys, eli sekvenssi. Sen jälkeen tutkitaan, täsmääkö järjestys mihinkään jo tiedossa olevaan virusmuunnokseen.

Juttua ja otsikkoa on korjattu 28.1. kello 11.36: Tulosten analysoinnin on viime aikoina aloittanut tai aloittamassa Fimlabin ja TYKS Kliinisen mikrobiologian lisäksi useampi yksityinen firma. Näiltäkin firmoilta tullaan lähiaikoina saamaan tuloksia.

Juttua päivitetty 28.1. klo 15.50: Täydennetty Fimlabin haastattelu Tampereen tutkimusten osalta.

Voit keskustella aiheesta perjantaihin 29. tammikuuta kello 23:een asti.

Lue seuraavaksi:

Suomi ryhtyi tutkimaan koronamuunnoksia, jotta rajoitukset voisi kohdistaa tarkemmin – koneisto voi tutkia tuhansia virusnäytteitä kerralla

Yhä useampi positiivinen koronanäyte tutkitaan muunnosten löytämiseksi – virusten analysointi tuplaantuu Suomessa lähiviikkoina

Lue seuraavaksi