Joen pääuomassa ravinne- ja rautapitoisuudet, rehevyys ja veden tummuus kasvavat vähitellen kuljettaessa latvasta kohti jokisuuta, mutta ero ei ole suuri.
Sen sijaan sivujoilla, joiden valuma-alueilla sijaitsee turvetuotantoa, vedenlaatu on heikompi kuin pääuomassa, sanoo Puro-Tahvanainen. Sivujokien vedenlaatua ei ole kuitenkaan luokiteltu.
Simojoen vedenlaatu tutkittiin paikallisten asukkaiden huolestumisen vuoksi.