Barcelonassa pelattu loppuottelu oli ikimuistoinen. Bayern München hallitsi pelitapahtumia ja johti Mario Baslerin vapaapotkumaalilla aina viime hetkille asti. Kaikki muuttui kuitenkin erotuomarin antamalla lisäajalla, kun punapaidat tekivät kaksi osumaa kulmapotkujen jälkitilanteista. Maaleista vastasivat vaihtopelaajina kentälle tulleet Teddy Sheringham ja Ole Gunnar Solskjær.
Bayern München oli englantilaisryhmän kanssa myös samassa alkulohkossa. Muut joukkueet olivat Barcelona ja tanskalainen Bröndby. Unitedin esitykset eivät häikäisseet lohkovaiheessa, mutta kaksi voittoa ja neljä tasapeliä toivat ryhmälle puolivälieräpaikan lohkokakkosena.
Puolivälierissä Fergusonin ryhmä kukisti Interin yhteismaalein 3-1. Välierissä vastaan asettui toinen italialaisseura Juventus. Joukkueet päätyivät Old Traffordilla tasalukemiin 1-1, ja Juventus näytti menevän menojaan toisessa osassa Stadio Delle Alpilla. Filippo Inzaghi vei italialaiset jo kahden maalin johtoasemaan, mutta Roy Keanen, Dwight Yorken ja Andy Colen osumat käänsivät pelin manchesterilaisten eduksi. United voitti lopulta yhteismaalein 4-3.
Bayernin taival loppuotteluun sujui hiukan helpommissa merkeissä. Ryhmä kaatoi Kaiserslauternin yhteismaalein 6-0 ja Dynamo Kiovan yhteismaalein 4-3.
Loppuottelu 26.5. 1999 Camp Nou, Barcelona
Manchester United - Bayern München 2-1 (0-1)
0-1 Mario Basler (6 min)
1-1 Teddy Sheringham (90 min)
2-1 Ole Gunnar Solskjær (90 min)
Manchester United (valmentaja Alex Ferguson):
Peter Schmeichel (c); Gary Neville, Ronny Johnsen, Jaap Stam, Denis Irwin, David Beckham, Nicky Butt, Ryan Giggs, Jesper Blomqvist (67. Teddy Sheringham), Dwight Yorke, Andy Cole (81. Ole Gunnar Solskjær)
Bayern München (valmentaja Ottmar Hitzfeld):
Oliver Kahn (c); Lothar Matthäus (80. Thorsten Fink), Markus Babbel, Thomas Linke, Samuel Kuffour, Michael Tarnat, Stefan Effenberg, Jens Jeremies, Mario Basler (89. Hasan Salihamidzic), Carsten Jancker, Alexander Zickler (71. Mehmet Scholl)
Erotuomari: Pierluigi Collina (ITA)
Yleisöä: 98 000