Eläintarhan vierailijat olivat huolissaan sikainfluenssan leviämisestä. Muslimivaltio Afganistanissa sika on harvinainen eläin, sillä uskonto kieltää sen lihan.
Kabulin eläintarha kärsi pahoin Afganistanin sisällissodan aikana 90-luvun alkupuolella. Tuolloin Mujahideen-ryhmittymän taistelijat söivät eläintarhan asukkeja sekä ampuivat eläintarhan ainoan norsun. Sisällissodan pommitukset tuhosivat eläintarhan akvaariot.
Maailman terveysjärjestö WHO:n vakuutteluista huolimatta sika päätettiin eristää eläintarhan muista asukkaista ja vierailijoista. Järjestön mukaan ei ole todisteita, että siat levittäisivät sikainfluenssaa ihmisiin.