Poliisin tutkittavana on Erikoisyksikkö 88, jonka väitetään kiduttaneen 12 vangitsemaansa separatistia, jotka otettiin kiinni elokuun alussa.
Australialainen The Sydney Morning Herald -lehti kertoo, että pidätettyjä on hakattu viikon ajan, tukehdutettu muovipusseilla, pistelty nauloilla ja pakotettu syömään raakoja chilejä.
Vuonna 2007 vangittu, samaan Molukkien saarimaakunnan itsenäisyyttä vaativaan ryhmään kuulunut jäsen kuoli maanantaina. Hänet pidätettiin, koska hän levitti Indonesian presidentin Susilo Bambang Yudhoyonon edessä kielletyn Molukkien lipun ja esitti perinteisen sotatanssin.
Hänen sanotaan kuolleen kidutuksessa saamiinsa munuaisvaurioihin. Molukkien maakunnan poliisi kiistää syytteet.
Väitteet ovat hankala asia USA:lle ja Australialle, jotka alkoivat tukea Erikoisyksikkö 88:aa New Yorkin ja Balin terrori-iskujen jälkeen. Yksikkö on saanut rahallista tukea miljoonia dollareita, jotta se kykenisi tehokkaasti estämään uusia terrori-iskuja.
YK:n erikoisraportoija kertoi vuonna 2007 tekemänsä tarkastuksen perusteella, että Indonesian poliisi käyttää kidutusta tavanomaisena kuulustelukeinona ainakin pääkaupungissa Jakartassa ja muualla Jaavan saarella. Ihmisoikeusjärjestöt kertovat samaa.
Indonesia on hyväksynyt YK:n kidutuksenvastaisen julistuksen, mutta maa ei ole laatinut asiaa koskevaa lainsäädäntöä.
Indonesiassa on useita separatistiryhmiä, jotka vaativat omille asuinalueilleen itsehallintoa. Parhaillaan on käynnissä matala-asteinen itsenäisyystaistelu Papualla. Maan keskushallinto on pyrkinyt estämään kaiken separatismin kovin ottein.