1893 Kustannusosakeyhtiö Otavan toimitusjohtaja Alvar Renqvist ja kirjakauppias Gösta Branders perustavat Akateemisen kirjakaupan. Kauppa avataan Helsingissä 18. heinäkuuta 1893 osoitteessa Aleksanterinkatu 9.
1901 Kirjakauppa muuttaa kadun toiselle puolelle vakuutusyhtiö Pohjolan taloon Aleksanterinkatu 44:ään.
1910 Kirjakauppa siirtyy jälleen uuteen osoitteeseen, tällä kertaa se on Aleksanterinkatu 7.
1930 Stockmann ostaa Akateemisen kirjakaupan. Se muuttaa lokakuussa juuri avattuun Stockmannin tavarataloon Aleksanterinkatu 52:teen.
1969 Akateeminen kirjakauppa muuttaa arkkitehti Alvar Aallon suunnittelemaan Kirjataloon, Pohjoisesplanadin ja Keskuskadun kulmaan, jossa se toimii nykyäänkin. Kirjatalon rakentaminen aloitettiin 1967.
Aiemmin kyseisellä paikalla sijaitsi arkkitehti Valter Jungin suunnittelema elokuvateatteri Kino-Palatsi. Jugendtyylinen rakennus valmistui 1911. Kiinteistö myytiin 1960-luvulla Stockmannille ja rakennus purettiin 1965. 1920–30-luvulla tontille suunniteltiin ns. pilvenpiirtäjää, jossa olisi ollut muun muassa Suomi-Filmin pääkonttori ja studioita. Ainoaksi tuon ajan tornitaloksi Helsingissä jäi kuitenkin hotelli Torni.
1986 Muun muassa japanilaisten matkailijoiden suosioon päätynyt Café Aalto avataan Kirjatalossa. Ennen kahvilan paikalla oli puhelinkeskus. Osa kahvilan huonekaluista on peräisin Helsingin Keskuskadulla sijaitsevan, samoin Alvar Aallon suunnitteleman Rautatalon kahvilasta, joka lopetettiin 80-luvulla. Stockmann hankki kalusteet huutokaupasta ja lahjoitti ne Alvar Aalto -säätiölle.
2013 Akateeminen kirjakauppa viettää heinäkuussa 120-vuotisjuhliaan. Marraskuussa Suomen kolmas Starbucks-kahvila avataan Akateemisen kirjakaupan kulmaukseen.
2015 Stockmann myy Akateemisen kirjakaupan ruotsalaiselle mediayhtiö Bonnierille. Akateemisella on seitsemän myymälää: neljä pääkaupunkiseudulla ja liikkeet Turussa, Tampereella ja Oulussa.
